Испанийн байлдан дагуулагч Дон Нуньо Белтран де Гузманы баруун бүс нутгийг чиглэн довтолж, тэр нутаг дэвсгэр дээрх ноёрхол, хүч чадлаа нэмэгдүүлэх зорилгоор Шинэ Галисийн Вант Улс нэртэй шинэ муж байгуулжээ.
Энэ бүс нутагт янз бүрийн уугуул бүлгүүд амьдардаг байсан бөгөөд испаничууд оршин сууж байсан суурингуудыг нь байнга сүйтгэдэг байв. Нуньо де Гузманы дэслэгч, ахмад Хуан Б. де Онате эдгээр мужуудыг тайвшруулж, Вилла де Гуадалахараг Ночистлан хэмээх газар байгуулах тушаал авав. тэр жилийн дараа Тоналад, дараа нь Тлакотлан руу нүүх ёстой байв. 1542 оны 2-р сарын 14-нд Нью Галисия, Дон Антонио де Мендозагийн захирагчаар Кристобал де Онатаг байлцуулан хотыг бүрэн байгуулсан Атемажакийн хөндийд уг хотыг суурьлуулахаар гурав дахь шилжүүлгийг хийв. дараа нь Мигель де Ибарраг хотын дарга бөгөөд дэслэгч захирагчаар томилсон Шинэ Испанийн дэд сайд.
Энэ хот хурдацтай хөгжиж, тэр үед шашны болон иргэний гүрнүүдийн төв байсан Компостела (өнөөгийн Tepic) хоттой өрсөлдөж эхэлсэн тул Гуадалахарагийн оршин суугчид Аудиенсиагийн эрх баригчдад ийм шахалт үзүүлж, хаан II Фелипе 1560 оны 5-р сарын 10-ны өдөр гэрчилгээ олгохоор шийдсэн бөгөөд ингэснээр Компостелагаас Гуадалахара, Сүм хийд, Хатан хааны шүүх, Сангийн яамны албан тушаалтнуудад шилжихээр болжээ.
Хотын байгууламжийг бусад колоничлолын хотуудын дагуу төлөвлөсөн тул Сан Фернандогийн талбайгаас шатрын самбар хэлбэрээр байрлуулсан байв. Дараа нь Фекс Антонио де Сеговия Мексикальцинго, Аналко зэрэг хорооллуудыг байгуулж, хамгийн эртний хотуудын нэг Мезкуитаны хорооллыг байгуулжээ. Хотын захиргааны байшингууд нь одоогийн Сан Агустин сүм ба Шударга ёсны ордон байрладаг анхны сүм хийдийн эсрэг талд баригдсан байв.
Өнөөдөр колоничлолын барилгуудаар олширсон гайхамшигт хот нь архитектурын олон жишээ, жишээ нь архитектор Мартин Касильясын 1561-1618 оны хооронд барьсан сүм хийд гэх мэт архитектурын олон жишээг үзүүлж байна. Түүний стилийг анх эхэлсэн барокко гэж ангилдаг. Энэхүү бат бөх бүтэц нь өнөө үеийн Плаза де Гуадалахарагийн урд талд сүндэрлэн боссон цамхагуудтай бөгөөд энэ нь барилгын анхны хэв маягт харьяалагддаггүй боловч одоогоор Гуадалахара хотын бэлгэдэл хэмээн хүлээн зөвшөөрөгдсөн байдаг. Балар эртний цамхагууд XIX зууны үед газар хөдлөлтөд сүйрсэн тул өнөөдрийн цамхагуудыг нэмж оруулав. Ариун сүмийн дотоод засал чимэглэл нь хагас готик хэв маягт багтдаг бөгөөд үүнд нэхсэн тороор хийсэн хийцтэй байдаг.
16-р зууны үеийн бусад шашны мөргөлдөөнүүд нь 1542 онд Аналько орчмын голын ойролцоо байгуулагдсан Сан-Францискогийн сүм хийд бөгөөд Шинэчлэлд бараг устгагдсан байв. 17-р зууны төгсгөлд соломоны даруухан шугамаар бароккоор чимэглэсэн сүмийг сэргээн засварласан. Сан Агустины хийдийг 1573 онд Фелипе II хааны зарлигаар байгуулсан бөгөөд одоогоор сүм хийдээ хатуу ширүүн Эререрийн шугамаар чимэглэж, дотор тал нь хавирган хонгилоор хадгалагджээ.
Санти Мариа де Грациа хэмээх энэ сан хөмрөгийн өөр нэг суурийг Пуэбла хотын Доминикан гэлэнмаа нар эзэлж байсан бөгөөд 1590 онд Сан Агустины Плазагийн урд баригдаж, мөнгийг нь Эрнан Гомес де ла Пенья төлжээ. Энэхүү барилга нь зургаан блокыг барьж эхэлсэн боловч өнөөдөр 18-р зууны хоёрдугаар хагаст неоклассик фасадтай зөвхөн сүм хийд нь үргэлжилсээр байна.
